1910年，Morgen TH提出假设：假定沿染色体长度上交换的发生具有同等的几率，那么两个基因位点间的距离可以决定减数分裂过程中发生重组染色体的发生率，即重组分数。重组分数的数值将随着两位点间距离的增大而增大。它是构建物理遗传图谱的基础，也是利用连锁分析将基因序列从染色体上搜寻出来的位置克隆法的基础。人们规定同一染色体上两个位点间在一百次减数分裂发生一次重组的机会时，即Q=1/100时定义两位点间的相对距离为一个cM(centimorgan)。人类基因组平均遗传长度为3300cM，而DNA的平均的物理长度为30亿对。 染色体上各基因之间的交换率，即发生交换的百分比，是不同的。基因之间的距离不同，两个基因靠的越近，其间染色体交叉的机会就越少，因而基因的交换率越小，反之，交换率就越大。基因的交换率反映了两基因之间的相对距离。根据基因在染色体上有直线排列的规律，把每条染色体上的基因排列顺序（连锁群）制成图称为遗传学图(genetic map)，亦称基因连锁图(gene-linkage map )。

遗传距离定义

衡量品种间若干性状综合遗传差异大小的指标。育种目标所要求的性状不止一个，为了能够更全面地反映亲本品种间的遗传差异，需要对多个性状综合考虑，从而引伸出遗传距离的概念。按多元统计分析方法计算品种间多个性状基因型值构成的多维空间的几何距离，就叫作品种间的遗传距离。