小叶白蜡自然保护区，保护范围在伊宁县墩麻扎乡喀什河下游的河心滩涂，面积约4平方公里。小叶白蜡是距今7000万年到100万年遗留下来的古老树种，被誉为“阔叶林活化石”。伊宁县这一片天然小叶白蜡林，是中国唯一的野生小叶白蜡集中分布地，有独特的科学价值。

那孜——确鹿特山地草原自然保护区，保护范围在新源县那拉提山深处，面积16400公顷。这里是闻名于世的伊犁草原的精华，囊括了高寒草甸、山地草甸、草甸草原、低湿地草甸等多种类型的草场，是极少有的草原宝库，分布有世界著名的优良牧草的野生种或近缘种。这里还是野生动物的天然栖息地。伊犁野生动物有棕熊、雪豹、猞猁、狼、豺、赤狐、沙狐、草原斑猫、天山马鹿、岩羊、盘羊、北山羊、高鼻羚、野兔、伊犁鼠兔、旱獭、天鹅、雪鸡、金雕、草原蝰蛇、四爪陆龟、新疆北鲵等不计其数，其中国家重点保护的珍稀野生动物在伊犁有60多种，其中一类保护9种，二类保护36种，三类保护19种。