商品流通的一般渠道可分为两个环节，一是批发环节，二是零售环节。药品市场的流通渠道，也是由生产商通过批发商销售给零售商（包括医院药房）。但由于医药不分业，中国药品流通领域有三个环节：药品批发环节、药品零售企业和医院门诊药房。其中，医院门诊药房作为特殊的、具有垄断地位的零售环节，占据了80%以上的药品零售市场份额。这一状况极大地影响了药品流通渠道的发展。新医改试点改革启动以来，不少地区开始使用“药房托管”模式，医院门诊药房的重要性略有下降。

经过多年发展，中国药品批发企业数量不断减少，医药流通企业规模不断壮大，市场集中度不断提高，区域经济势头明显。