2001年7月，盐田区政府和深圳大学师范学院在盐田中学和盐田小学的基础上，合作创办了深大师院二附校，系国有民办体制学校。2007年8月，根据国家民办教育发展的相关政策，深大师院二附校移交盐田区政府管理，恢复公办体制。区教育局副局长孔祥钰介绍，此次中小学分设并分别更名为盐港中学、盐港小学，是盐田区教育布局调整的一部分，两校分设办学后，盐港中学高中部将办成职业高中，突出职业教育特色和盐田地方特色；盐港小学也将努力办成东部一所比较好的小学，让家长满意。

目前，盐港中学、盐港小学仍然使用原深大师院二附校校舍，但行政人员和教师队伍已经完全分开。

盐港中学，初中为公办学校，高中性质为职高。但高中内有有设普高班（美术、音乐、体育），一般被录取进普高班是以中考分数而定（大约标准分500分）。普高班还有采取着分流制，指的是每次期中考和期末考文化分数和专业分数不到某一个标准则会把你分流到职高班（这就等于直接把你考大学的机会给扼杀了）。

盐港中学高中学费标准3100左右，住宿生则3400左右（不包括在校内伙食费700和洗衣费120，因为这是要另交的）。