学甲慈济宫草建于明永历15年（1661年），是台湾保生大帝的开基祖庙，庙内保存800馀年历史的开基神像、己失传的叶王交趾陶、何金龙剪黏艺术及众多珍贵的古文物，名列国家三级古迹；庙旁的慈济文化大楼内，长期展出叶王交趾陶、县境内珍贵史料、寺庙文物及先民器物等，深具历史与文化价值。

慈济宫占地千馀坪，庙体规模并不大，但庙前广场广达650坪，两侧竖立著一对雄冠全台的大旗竿，地下深9尺、地上高达63尺，为慈济宫救人济世的精神象征。保生有帝信仰于明郑时期随著泉州同安移民渡海登台，如今正殿内王祀的保生大帝神像，便是当年从福建省同安县白礁慈济宫分香而来，为宋代雕制的开基古祖庙神像，历史价值非凡。