畜种鉴别又叫肉种鉴别，使用分子生物学的方法判断一个肉样品的归属，是猪肉，羊肉，还是什么等等。

根据动物线粒体DNA上 Cytochrome oxidase subunit b（cytb）基因，动物种间存在多态性而开发的肉种类鉴别方法。动物线粒体在每个动物细胞中占有很高的比例，cytb基因是位于线粒体DNA的一个功能基因。以Genbank上公布的动物的基因序列，分别以检测鉴别特异性引物对和哺乳动物持家基因引物对，以肉及肉制品中提取的动物组织DNA为模板，建立对肉及肉制品中源性成分检测鉴别的分子生物学方法－PCR方法，琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物是否有特征性条带。对PCR阳性产物，应用限制性内切酶做酶切鉴定，进行确证。或者是添加荧光探针，用荧光定量PCR的方法。