华生的行为主义理论说服了许多的学院研究者相信在心理学的实验上研究行为的重要性。尤其是在比较心理学上，更早时便有人于这方面提出警告，批评当时有些研究者的研究越来越偏向拟人化。例如罗意德·摩根（C. Lloyd Morgan）便曾批评乔治·罗曼（George Romanes）在他的研究中竟直接地形容动物的心理过程。爱德华·桑代克也曾做了类似的研究（研究猫咪逃离迷宫盒子的反应）。

然而，大多心理学家采取了他们称为方法论的行为主义（methodological behaviorism）的立场，他们承认"行为"是唯一的、或最简单的用以观察心理的方法，但认为它可能只是表现了精神状态运作后的结果。支持这样立场的知名行为主义者，包括了自称为新行为主义的克拉克·L·赫尔（Clark L. Hull），以及稍后发展了认知主义的爱德华·C·托尔曼（Edward C. Tolman）。托尔曼主张老鼠即使在缺乏奖励条件的情况下也能自行探索出迷宫的分布，而且主张刺激与反应（S->R）之间还有第三者作连结—组织系统（organism），因此整个步骤应该是（S->O->R）。他的理论也被和其他一些理论一起被称为—有目的地行为主义（purposive behaviorism）。

方法论的行为主义到今天仍是最强调实验的心理学流派，包括许多研究认知心理学的人，只要行为被定义为包括言语在内—至少非内省的言语都有研究价值。自从1980年代以来越来越多的动物认知研究，以及一些非正统的观点如唐纳德·格利芬（Donald Griffin），在讨论动物的心理时也出现越来越多包括讨论意识的心灵性的用词，比较心理学与动物心理学，方法论的行为主义并不会出现矛盾。