有清一朝，新疆财政始终无以自立，主要支出均由中央户部和内地各省调拨银两。由于这些款项主要用于发放新疆驻军的俸饷，史称协饷制度。

保卫边疆是建设边疆的前提，乾隆年间，清朝在新疆常驻的军队约4．5万人。“兵马未动，粮草先行”，新疆每年的军政费用需白银200余万两，而新疆全年货币形式的赋税收入，仅有白银10余万两。清政府规定，新疆的所有财政收入都留归新疆各地使用。新疆地方财政的收支差额问题，则通过内地省份的“协饷”解决。新疆遇到大事时，由清朝中央政府拨专款支持，称为“专饷”。从1760年开始，清政府每年从内地调拨“协饷”200万至300万两白银，充作新疆军政费用。当时，全国有25个省级行政区，除了财政比较紧张的黑龙江、吉林、盛京、乌里雅苏台（今蒙古国）、广西、贵州、云南、西藏、甘肃、青海外，其他的省以及粤海关、闽海关、江汉关、江海关等海关，都要分担新疆所需的财政支出。

每年春夏间，新疆各地核定本地次年军政事业所需费用，将开支预算分别上报中央政府的户部（类似于今天的财政部）和驻在兰州的陕甘总督衙门（类似今天的兰州军区）。户部审定该预算后，按内地各省区和海关财政收支状况分摊。各省区和海关接到分摊数额后，按期将银两解送陕甘总督衙门，再由新疆派人领取，分存新疆各地银库，按月给各地公职人员和驻军官兵发放。

1760～1911年，清政府拨给新疆的协饷和专饷，总计高达近4亿两白银。这套制度，类似于今天的财政转移支付和发达地区对口支援，为新疆发展提供了稳定的经费支持。这些费用，大部分用于驻新疆清军官兵和办事人员(包括内地来的满、蒙、汉族官员和新疆本地的维吾尔等族官员)的工资及日常行政开支，还有一部分用于重大的公共工程，如水利和道路建设等。

协饷制度是清王朝军费收支的重要途径，也是中央控制地方军事、经济、政治的主要手段。晚清时期，它的实行虽步履艰难，但在筹集军费的过程中，仍发挥重要作用。协饷制度在晚清日渐衰落，在镇压太平天国运动的过程中，清朝的财政体制发生了深刻的变化，财政权逐渐下落到地方督抚的手上，地方财政日益发展，导致协饷趋于瓦解，这标志着高度中央集权的财政体制无可挽回地走向了没落。