基本思路

方法原理

选择参照外群的标准

其他关键问题

基本思路

相对进化速率检验（relative-rate test）是检验分子钟或分子序列相对进化速率的常用方法。以三个物种为例简单来说，就是利用第三个物种（外群）来检验两个物种是否以相同的速率进化。

我们无法对两条DNA序列的祖先序列的状态有直接的了解，并且两条序列（两个物种）的分歧时间我们无法直接得知，因此两条序列的进化速率无法直接比较。为了理解物种基因的进化，一个基本的想法是分别比较两个物种与一个参照外群的遗传距离，即相对速率检验的思路。

方法原理

下面结合图示（图1）阐述该检验方法的基本原理。假设比较物种A和B的进化速率，C为选取的外群，在这里A、B、C都是实际存在的物种；实际上，A和B物种的DNA序列来源于其祖先类群O，因为我们无法得知O的状态，因此用C来代替，也即我们用AC和BC代表两个物种和祖先的遗传差异。

相对进化速率检验的零假设为：AC-BC=0，即物种A和B分别与C的遗传差异相同，这时候A和B有相同的进化速率。该检验假定核酸替代数目符合泊松（Poisson）分布，那么就可以用标准化正态分布来检验A和B两个支系中核酸替代数是否相同，如果显著差异，则推翻零假设，即认为进化速率存在差异。

选择参照外群的标准

一般情况下，AO和BO要小于比AC和BC。在具体的计算中，所计算的是AC-BC（也即比较A和B分别与C的差异是否显著）。因此，从理论上来说，选取参照外群的标准是：选择的参照序列应该使AC-BC能够很好的模拟AO-BO，也即使OC最小，也即选择的外群与假定的祖先类群序列差异最小。

根据上面的内容，参照序列（或物种）的选择的指导原则应该是：选择与内群最近的外群。因此，相对速率检验往往依赖于物种间可靠的系统发育关系。并且研究发现，增加外群的数目并不能使得检验的可靠性增加，也就是说，尽可能选择一个最近的外群足矣。

其他关键问题

1）有研究发现，当增加所比较的内群序列数目时，相对进化速率检验的可靠性会提高。

2）保证系统发育关系的可靠性。