西南大学医院是由学校直管的正处级单位。医院现有职工200余人，其中正高2人、副高31人、中级55人。医院建筑面积约有7000余平方米，床位200张，所有病房带有卫生间和阳台，配有冷暖空调、语音呼叫系统，部分病房还带有电视机、电话、热水器，有标准的手术室。固定资产近1500万元，大中型医疗设备606多台件，其中进口设备有：彩超、黑白B超、血球记数仪、胃镜、肠镜、动态心电图仪、动态血压仪、500毫安X光机、双定位碎石机、全自动生化分析仪、口腔全景X光机等。其科室设置齐全，特色专科有：心血管内科、老年病、妇科、口腔科、泌尿外科、肛肠外科等。外科能够开展腹部手术如胆囊和阑尾切除术、疝修补术、膀胱造瘘术、前列腺癌、结肠癌和淋巴癌切除术。

我校主办的中国高校保健医学研究会会刊《高校保健医学研究与实践》杂志，2004年获国家科技部、国家新闻出版总署的批准，成为国内外公开发行刊物，该刊物是全国保健医学界正式公开发行的第一份学术刊物，也是全国高校医疗系统公开发行的第一份刊物。2006年经国家新闻出版总署批准，刊物更名为《保健医学研究与实践》，主管单位为中华人民共和国教育部，进一步提高办刊层次和杂志在全国的影响，必将迎来一个更大的发展空间。

西南大学医院能全面地为第一线的教学科研服务，能使近10万人的全校师生员工、家属及周边社区人员的基本医疗及健康得到有效的保障。医院近几年加大人才引进力度，如调入大医院有临床工作经验的医生，新进具备硕士学历以上人员10人，现有中青年医务人员陆续送到著名医科大学附属医院进修提高。同时还鼓励职工根据医院条件和工作需要，积极从事科研工作，主持或参与省部级课题等科研项目，多项科研成果获各种奖励。近几年医务人员公开发表学术论文225篇，出版专著、教材18部。

为了师生员工的就医方便，南北校区均设有医院，北区医院为西南大学医院一院，南区医院为西南大学医院二院，主要行政办公地点在北区医院。