西吉屿在澎湖列岛的东南海域，八罩岛的东南约15公里，东面距离东吉屿约4公里，岛屿呈三角形，面积为0.7789平方公里。地势北高南低，最高点海拔为26.5米。南岸为沙子海滩，余为岩崖。西吉村在东南部，东北多暗礁。