西瓜花为单性花，雌雄同株。

人工辅助授粉十分必要。具体做法是：根据当地的天气情况，在降雨之前的下午或傍晚，将翌日开放的雌花和雄花用纸筒套住，第二天早上开花时，取下纸筒进行人工授粉。授粉时，先摘下雄花，剥去花瓣，留下花药，然后轻轻地将花粉涂于雌花的柱头上。授粉过程中，动作要轻，不能用手触摸幼瓜，以免机械损伤而影响座果。

授粉完毕，雌花用纸筒套上。3天后摘除纸筒，以免影响果实膨大。开花授粉时，若遇短时阵雨，可在雨后两小时用较干燥的花粉授在无积水的雌花柱头上。一般授粉后3小时下雨，对座果影响不大，若不足3小时遇雨应补授一次。