1946年，国立武昌海事职业学校成立的同时，设置造船科。1949年秋武汉解放，在接管国立武昌海事职业学校的基础上，创办中南交通学院，设置造船专业。1952年全国高等院校院系调整，造船专业调到上海交通大学。1958年随着国家国民经济发展的需要，恢复重建船舶工程专业，1963年交通部部属院校进行专业调整时大连海运学院船舶工程系整体调至到武汉，与我校船舶工程系合并。1978年为适应社会需要，开办了船舶设计与制造、造船工艺与设备、船舶结构力学、船舶流体力学四个本科专业。1982年开始招收硕士研究生，1983年开始招收博士生。
土木工程系成立于1949年，设有公路土木、公路桥梁和机械自动化三个专业，1952年全国高等院校院系调整，分别调整到湖南大学，华南工学院和江西大学。1988年恢复招生并成立土木工程系，设有公路与城市道路专业，并先后更名为交通土建、土木工程、道路桥梁与渡河工程专业。
交通运输系起源于1952年，1952年全国高等院校院系调整时我校创办水运管理和水运经济专业，1963年交通部部属院系调整时，该两专业调整至上海海运学院，1983年恢复招生水运管理专业，成立管理工程系，1994年水运管理改名为交通运输管理，成立交通运输管理系，隶属管理学院。
1999年由船舶工程系、土木工程系合并组建成船舶与土木工程学院。
2001年交通运输管理系更名为交通运输系，并与船舶与土木工程学院合并，成立交通学院