吴祖荫（？-？）字念兹，湖北蒲圻（今赤壁）人。

早年入两湖书院，1898年11月被湖广总督张之洞选派以湖北官费赴日留学，入成城学校、日本陆军士官学校中华队第一期步兵科，后入日本近卫步兵第四联队做见习士官，在日本期间曾与士官生傅慈祥、吴禄贞、安庆澜、刘道仁、吴祖荫，帝国大学学生黎科，日华学堂学生蔡成煜、黄白福、郑保晟等9人组成“励志学会回国请愿团”，1902年3月毕业回国，在湖北新军任职，1904年曾奉命进京，在练兵处任职，后回湖北任职，曾参与武昌起义。