无污染燃料又称清洁燃料。燃烧时能产生高热值而不污染环境的燃料。天然燃料中只有少数地区的天然气属于这种燃料。获得大量的无污染燃料的方法是对现有天然燃料进行无害无处理，或研制新型的无污染燃料。对现有天然气作无害化处理的方法很多，如以煤为原料制成的脱硫煤气、水煤气、半水煤气等；以石油为原料制成的液化石油气、脱硫重油等，都是少灰、低硫的实用燃料。用杂草木屑堆肥制造沼气，比起直接用草木作燃料，既提高热值，又减少污染。

研究中的无污染燃料有氢、甲醇、乙醇等。氢燃料发热值为同等重量碳燃料的四倍，燃烧产物是水，对环境无污染，所以是动力、化工、运输、宇航等方面理想的燃料，但现在还没有费用低廉的制取方法和妥善的贮存方式，所以使用不广。

像现在的航天，航空，大多用这种材料。如固态氧，固态氢，减少了体积，加大利用量。