始建于1944年，当时称“新疆关”， 由国民政府海关总税务司署设立。1950年3月9日，中华人民共和国海关总署发布通令，将“新疆关”更名为“中华人民共和国迪化关”；1954年2月13 日，海关总署电令“迪化关”更名为“乌鲁木齐关”；1981年8月1日，正式称为“中华人民共和国乌鲁木齐海关”。1984年9月，经国务院批准，乌鲁木齐海关为正厅局级海关。

乌鲁木齐海关(内设机构 派驻机构 隶属海关 事业单位 乌鲁木齐缉私局隶属机构 监管区域)

现任领导

乌鲁木齐海关

内设机构

办公室、法规处、监管通关处、关税处、综合统计处、技术处、稽查处、风险管理处、人事教育处、财务处、关务保障处、政工办（机关党办、工会、团委）、监察审计室、缉私局。

派驻机构

审单处、现场业务处、驻出口加工区办事处、驻车站办事处、驻库尔勒办事处。

隶属海关

阿拉山口海关、喀什海关、霍尔果斯海关、吐尔尕特海关、红其拉甫海关、伊宁海关、塔城海关、阿勒泰海关、伊尔克什坦海关、都拉塔海关、霍尔果斯国际边境合作中心海关、机场海关。其中喀什海关为副厅级海关。

事业单位

机关服务中心、中国电子口岸数据中心乌鲁木齐数据分中心、海关总署乌鲁木齐教育培训基地。

乌鲁木齐缉私局隶属机构

阿拉山口海关缉私分局、喀什海关缉私分局、霍尔果斯海关缉私分局、塔城海关缉私分局、阿勒泰海关缉私分局。

监管区域

166万平方公里。是全国关区最大的直属海关。

现任领导

薛金楼 乌鲁木齐海关党组书记、关长

男，1956年12月出生，汉族，江苏南通人，中共党员，博士研究生毕业, 现任乌鲁木齐海关党组书记、关长，一级关务监督关衔。1971年4月参加工作，先后任南京海关隶属张家港海关副关长、南京海关隶属张家港保税区海关副关长、南京海关隶属南通海关关长、南京海关副关长、深圳海关副关长、南昌海关党组书记、关长等职务，2012年2月任乌鲁木齐海关党组书记、关长。负责乌鲁木齐海关全面工作。

克依纳木·依马来提夏 乌鲁木齐海关副关长

男，1957年5月出生，塔吉克族，新疆维吾尔自治区塔什库尔干县人，中共党员，专科文化程度，现任乌鲁木齐海关副关长，二级关务监督关衔。1975年参加工作，先后在红其拉甫海关、乌鲁木齐海关等单位工作，1988年以来先后任红其拉甫海关副关长、关长、乌鲁木齐海关调查处处长、乌鲁木齐海关调查局副局长（主持工作）、乌鲁木齐海关副关长等职务，2001年任乌鲁木齐海关副关长。

分管乌鲁木齐海关监管通关处、驻车站办事处、现场业务处，联系霍尔果斯海关、伊宁海关、都拉塔海关、霍尔果斯国际边境合作中心海关筹备处。

李军 乌鲁木齐海关副关长

男，1957年6月出生，汉族，江苏涟水人，中共党员，中央党校函授本科文化程度，现任乌鲁木齐海关副关长，二级警监警衔。1972年12月参加工作，2000年以来先后任乌鲁木齐海关走私犯罪侦查分局局长、乌鲁木齐海关副关长兼缉私局局长、汕头海关副关长兼缉私局局长等职务，2011年6月任乌鲁木齐海关副关长。

分管关税处、综合统计处、稽查处、风险管理处、驻出口加工区办事处，联系阿拉山口海关。

于志力 乌鲁木齐海关副关长

男，1958年4月出生，汉族，山东省宁津县人，中共党员，本科文化程度，现任乌鲁木齐海关副关长，二级关务监督关衔。1975年参加工作，先后在红其拉甫海关、吐尔尕特海关、喀什海关等单位工作，1990年以来先后任喀什海关副关长、吐尔尕特海关关长、喀什海关关长、党组书记等职务，2005年任乌鲁木齐海关副关长。

分管乌鲁木齐海关财务处、技术处、关务保障处、服务中心、数据分中心、教育培训基地，联系塔城海关。

吕建忠 乌鲁木齐海关副关长兼缉私局局长

男，汉族，1957年6月出生，河北晋州人，中共党员，中央党校函授本科毕业，现任乌鲁木齐海关副关长兼缉私局局长，二级警监警衔。1974年8月参加工作，历任乌鲁木齐海关走私犯罪侦查分局（后更名为乌鲁木齐海关缉私局）副局长、政委（正处级）等职务，2008年7月任乌鲁木齐海关缉私局政委（副厅局级），2010年6月至今任乌鲁木齐海关副关长兼缉私局局长。

主持乌鲁木齐海关缉私局全面工作，分管乌鲁木齐海关法规处，联系乌鲁木齐机场海关。