文莱海南会馆成立于１９６８年（时称文莱琼州会馆）。该会是在马来奕琼侨公会（该会是文莱历史最长的华侨华人地缘性社团，成立于１９３９年，后更名为马来奕琼州会馆）的基础上发展成立起来的。文莱海南会馆成立后，马来奕琼州会馆成为分会。１９８０年该会成立了青年团，同年成立了中西乐剧社，会务更趋活跃。该会经常举办康乐、文体等活动，琼籍乡亲经常来此聚会、习乐弈棋和阅报看书。１９９８年该会馆为与世界海南会馆名称相统一更为现名，该会馆是文莱较大和较活跃的华人社团之一，有会员４００多名。