有滋养体和包囊期。滋养体直径6 ~12mm。核有一粗大明显核仁而无核周染色质粒。胞质量少，颗粒状并含空泡，滋养体以其短小、钝性而透明的伪足而作迟缓运动。在大肠中成囊，成熟包囊含四核，直径5 ~10mm。一般认为非致病性，但已有报道该虫感染与慢性腹泻有关。微小内蜒阿米巴亦以粪检为主，但需与哈门氏内阿米巴和布氏嗜碘阿米巴鉴别。该虫体积比哈门氏内阿米巴小，且含粗大核仁。胞核与布氏嗜碘阿米巴相似，但包囊较小。本虫呈世界性分布，但少于结肠内阿米巴，由于其较小，故粪检不易检出。我国平均感染率为1.579%。但据报告巴西农民的感染率高达14%，加拿大儿童医院的流行率达4%，对甲硝咪唑敏感。