皖南医学院团委是团省委、校党委领导下的先进青年的群众组织，是在实践中学习共产主义的学校，是党的助手和后备军。多年来，学院各级团组织坚持"党有号召，团有行动"的优良传统，团结带领广大团员青年在学院建设的不同历史时期发挥了独特而重要的作用。

在新的形势下，皖南医学院共青团组织高举邓小平理论伟大旗帜，坚持以十六大精神和“三个代表”重要思想为指导，全面贯彻上级团组织工作会议精神，紧紧围绕“培养优秀医学生为中心、全面推进四项重点建设工程、努力实现争创一流医学院”的战略目标，以“思想先行、文化领唱、实践并重、文明修身”为拓展载体，以中央16号文件为主线，以全面加强团的基层组织建设为重点，大力加强团学干部队伍、校园文化和学生社团建设，按照班子建设好、支部建设好、主题活动好、阵地建设好的“四好” 工作方针，大力实施了思想教育工程和大学生素质拓展工程，着力构建青年思想道德建设体系、服务体系和组织体系，切实加强团的自身建设，使共青团组织成为学校育人工作的一支重要力量；同时学校各级团组织积极代表广大青年团员的切身利益，反映青年愿望，组织团员青年参与学校的教学改革，使广大青年成为学校改革与发展的积极的推动力量。

面向新世纪，皖南医学院团委正以崭新的精神风貌，团结带领全校团员青年迎接新世纪的召唤，积极探索新形势下高校团建工作的新思路、新模式，继承传统，创出特色，树立品牌，不断推动该校团的工作上新台阶，新水平，为共青团事业的发展作出更大的贡献。