特种目的监测是指因环境管理或环境科研需要而进行的非常规性监测，如污染事故监测、仲裁监测、环境影响监测等。监测的内容由监测目的确定。事故监测，以构成事故的现场为监测区域，事故源为评价对象，在现场调查的基础上，测定污染物种类、浓度、强度、污染程度、危及范围，查明污染原因和潜在危害，评估经济损失情况，据此提出控制或消除污染措施，为事故判决提供科学依据。仲裁监测，是受争执双方协议之托，为裁决其环境责任或权益争执而进行的监测，监测的内容围绕争执事项展开。它与事故监测在任务来源、监测目的方面都有不相同。环境影响监测，是以污染物的受体为观测对象，调查环境污染原因、途径、判断污染程度，研究污染机理，从而推进环境科学的发展。