泰山赤鳞鱼国家级水产种质资源保护区总面积2160公顷， 核心区面积820公顷，实验区1340公顷。核心区特别保护期为全年。保护区位于山东省泰安市泰山风景名胜区内，范围在东经117°01′22″-117°08′27″，北纬36°12′39″-36°17′32″之间，包括5部分。

桃花峪保护区：桃花峪沟自桃花源索道站至桃花峪检查站两侧山脊连线的区域，面积632公顷，范围在东经117°01′22″-117°04′25″，北纬36°15′20″-36°17′01″之间；核心区为桃花峪沟鹦鹉崖至核桃园段，面积287公顷，范围在东经117°02′58″-117°04′25″，北纬36°15′28″-36°16′28″之间。其他区域为试验区。

黄溪河保护区：中天门至黄溪河水库、黑龙潭至龙潭水库两侧山脊连线的区域，面积597公顷，在东经117°05′30″-117°06′24″，北纬36°12′39″-36°14′27″之间；核心区为黄溪河马蹄峪至黑龙潭，面积181公顷，在东经117°05′38″-117°05′45″，北纬36°13′04″-36°13′58″之间。其他区域为试验区。

天井湾保护区：窑子沟自沙岭水库至一道窑子沟上口两侧山脊连线的区域，面积498公顷，在东经117°05′52″-117°06′42″，北纬36°16′39″-36°17′32″之间；核心区为以窑子沟天井湾为中心，上至二道窑子沟口，下至黑虎崖，面积226公顷，在东经117°06′04″-117°06′25″，北纬36°16′50″-36°17′20″之间。其他区域为试验区。

大直沟保护区：牛马场至大直沟水库两侧山脊连线的区域，面积272公顷，在东经117°07′21″-117°08′27″，北纬36°14′44″-36°14′50″之间；核心区为大直沟水库至宰牛沟出口，面积48公顷，在东经117°08′12″-117°08′27″，北纬36°14′44″-36°14′50″之间。其他区域为试验区。

天烛峰保护区：石坑至顶湾、仙鹤湾至顶湾及顶湾至天烛峰水库两侧山脊连线的区域，面积161公顷，在东经117°07′08″-117°08′03″，北纬36°14′35″-36°15′52″之间。核心区以顶湾为中心，上至大沟下至燕子窝、仙鹤湾、天烛峰水库，面积78公顷，在东经117°08′02″-117°08′03″，北纬36°15′38″-36°15′52″之间。其他区域为试验区。

主要保护对象为泰山赤鳞鱼，其他保护物种包括鲤、鲫、鲈、河蚌、泥鳅、鲇等。