安徽省寿县人，1913年1月14日出生在一个仕宦家庭。1949年5月，孙以瑾奉命到武汉参加军事接管。11月初，广西战役开始后，孙以瑾随解放大军由湘入桂。

11月初，广西战役开始后，孙以瑾随解放大军由湘入桂。12月11日，孙以瑾出任南宁解放后第一任市委书记。同月20日，孙以瑾随莫文骅十三兵团司令部抵达南宁时，整个中共南宁市委、市政府仅有孙以瑾、刘锡三（南宁市长）、袁家柯（市委委员、宣传部长）三人。入城后，孙以瑾立即着手接收中共南宁地下党组织，与莫文骅、刘锡三等人一道，在接管旧政权的同时，组建起市委、市政府机构，开展新政权创建工作。1950年1月，南宁正式定为广西省会。同月，省委为便于协调工作，将中共南宁市委书记、市长一职改由省委第二副书记、南宁市军管会主任莫文骅兼任。孙以瑾改任副书记（1951年5月后，孙以瑾再任市委书记）。1952年8月，孙以瑾调离南宁后先后到过广州市委、国务院部委和北京市人委等部门工作。1961年9月至1963年2月，随何伟出任过中国驻越南、老挝等国外交官。1964年当选第三届全国人大代表。“1978年，孙以瑾当选为第五届全国政协委员，安排在中组部从事落实干部政策的工作。1999年4月18日，孙以瑾因病医治无效在北京去世，享年87岁。