溯祖理论诞生于20世纪80年代后期。经过十几年的发展日趋完善，并成为研究群体遗传及分子演化的有利工具，由于理论本身的数学分析严密性，对于基因组数据结构的精细处理，有着传统的遗传学理论无可比拟的优越性。