丝状菌分布在水生环境、潮湿土壤和活性污泥中。

有铁细菌如：浮游球衣菌（Sphaerotilus natans）、泉发菌属即原铁细菌属（Crenothrix）及纤发菌属（Leptothrix）。丝状硫细菌如：发硫菌属（Thiothrix）、贝日阿托氏菌属（Beggiatoia）、透明颤菌属（Vitreoscilla）、亮发菌属（Luecothrix）等多种丝状菌。

丝状体是丝状菌分类的特征。