水域生物体系的物质和能量的输入与输出，生态系统的结构和功能，在外来干扰下通过自我调节恢复到稳定的状态。这种平衡是动态平衡。水域生态平衡失调原因主要有两类：①自然因素。如秘鲁近海发生厄尔尼诺现象，引起鱼类大量死亡，渔获量大幅下降，并导致以鱼为食的海鸟因缺乏食物而大量死亡。②人为因素。其中主要有三个原因。首先是人类对某些对象过度捕捞；其次是人类活动产生的废弃物大量进入海洋，直接毒死海洋生物或破坏生物体的正常生理功能；第三是沿水大型工程建设，在大海、河流上建造大型堤坝水库等，减少入海的径流量和各种营养物质，从而可能降低海区的初级生产力，并通过食物链条影响整个群落结构。