水体生物净化是指水体中的污染物经生物的吸收、降解作用使污染物消失或浓度降低的过程。影响水体生物净化的因素有：污染物本身的性质、水中溶解氧的含量、水体中生物群落结构、水体的水热状况等。其作用机理是：需氧微生物在溶解氧存在时将水体有机污染物氧化分解为简单稳定的无机物（CO2、H2O、硝酸盐、磷酸盐等）；厌氧微生物在缺氧时进行分解，把水体中有机污染物分解为H2S、CH4等；水生植物（如凤眼莲）吸收水体中镉、汞等重金属。水体中生物群落结构及溶解氧的变化反映了水体生物净化的进程。水体生物净化是环境自净的重要过程之一，其机理可应用于生物处理工程，完善生物监测手段。