双凤中心小学的前身是建于清同治七年（1868年）的双凤镇义塾，光绪三十年（1905年）改设双凤乡第一初等小学堂，校舍迁至李家桥堍“育婴堂”（即现在校址），民国十五年（1926年）建立双凤镇中心国民学校。

1949年5月11日双凤解放，在党和政府的关怀下，1951年取名为“太仓县双凤中心小学”，同年下半年成立“双凤中心小学大队部”。从那以后，学校十分重视少先队工作，以“母爱育人”为主线开展丰富多彩的活动，1956年当时的少先队大队辅导员夏树松被评为全国优秀辅导员。六十年代，本校教师自编的“珠算”教材和“节日图”，经当时省教育厅长吴天石推荐，发表在《江苏教育》上。学校德智体各科教育全面开花，小乒乓球队于64年获太仓县男女团体第一名，并代表县参加苏州市比赛。

十一届三中全会以后，学校迎来了全面振兴的新时期。中心校建制和少先队名称恢复，使学校走上了发展的快车道，一幢幢教学楼拔地而起，电脑室、语音室、音乐室、自然室、幼儿活动室等相继建成，学校的面貌焕然一新。同时，学校的各项工作获得长足的进步。少先队活动和家长学校成为学校德育工作的特色。

90年，双凤中心小学少先队大队、五（2）中队，学生陈丽菊，张毓丽分别被评为县赖宁式大队，中队及队员。91年六（1）中队学生吴金亚获全国赖宁奖。三（1）中队被评为省红旗中队，93年少先队大队部被授予“省红旗大队”光荣称号。95年被评为“纪念抗战胜利五十周年”活动组织的全国先进集体。97年少先队大队部被评为苏州市少先队工作先进集体，大队委员张嫔参加了苏州市第三届少代会，并被评为“苏州市优秀少先队员”。2002年，六（3）中队被评为江苏省少先队红旗中队。

双凤中心小学的家长学校创办于1986年，自90年后连续六年被评为“县优秀家长学校”，92年苏州市示范家长学校现场会此召开，家长学校被命名为“苏州市示范家长学校”，99年被命名为“江苏省优秀家长学校”。完成科研课题8个，有40多篇科研论文在国家、省、市级各级报刊上发表，其办学经验多次在苏州大市和太仓市进行交流，成为本校办学一大特色。

在抓好特色的同时，学校的各项工作全面推进，成绩突出，受到了党和政府及社会各界的好评。学校党支部于93年后几乎年年被评为先进党支部，获“太仓市先进基层党组织”的称号，团支部自94年起连续被评为先进团支部，学校妇委会先后被评为苏州市先进妇女组织、太仓市“三八”红旗集体；96年2月该校被评为“太仓市德育先进学校” 98年度获苏州市德育先进学校称号，学校还先后获得了苏州市“依法治校先进学校”、太仓市“综合治理、平安创建先进集体”、太仓市“关心下一代先进集体”、“太仓市安全文明单位”、“太仓市建设学习型家庭社会辅导站”、“太仓市传统体育项目学校”等荣誉，通过了“苏州市教育信息化实验学校”、“太仓市绿色学校”、“太仓市规范收费学校”的创建验收。学校被评为苏州市绿色学校、苏州市关心下一代先进集体、苏州市依法治校先进学校等荣誉。

自全面推行素质教育后，学校更为重视学生德智体美劳全面发展，学校获得了省教育厅、省科技厅、省科协“国际科学与和平周全国中小学生（江苏地区）金钥匙科技竞赛实施素质教育先进学校”称号。在教育部关工委、中国教育学会、中国教育报、中央教科所举办的“首届全国小公民道德建设实践创新活动”中获集体二等奖，并被命名为“全国小公民道德建设实验学校”。2004年3月学校被评为苏州市依法治校先进学校、2004年4月平为评为苏州市小公民道德建设活动先进集体，2006年学校被评为苏州市绿色学校。2007年1月学校被评为苏州市常规管理示范小学，2007年4月被评为苏州市关心下一代先进学校，2006年以后学校加快教育现代化建设步伐，2007年3月新幼儿园顺利搬迁，2007年12月新小学将建成，目前学校正在着力进行学校教育现代化验收，学校的教育现代化建设、内部管理、教育质量和知名度正在不断提高，将跃上一个新的台阶。