同I型内含子类似，是一类具有酶催化功能的内含子,转录成RNA后,可以自我剪接。Ⅱ型内含子以与剪接体类似的方式进行剪接，但不需要任何蛋白质（自剪接）。虽然剪接可以在没有蛋白质的情况下进行，但依然会额外的使用5个RNA分子及超过50多个蛋白质，并水解多个三磷酸腺苷（ATP）分子。使用 ATP 是要提高剪接mRNA的准确性，避免出现错误。

以下是Ⅱ型内含子自剪接的特点（与Ｉ型相同是两次交酯化）：

１。内含子内特定腺苷的2'羟基攻击5'剪接位点，从而形成一个套索。

２。5'外显子的3'羟基于3'剪接位点引发第二次的交酯化，从而将两个外显子接合。