石臼所站系港湾站，位于兖石铁路的终点，站型按国务院确定的布置原则，近期采用港方车场呈横列式布置，预留二级纵列布置条件。铺设重列车到发交接线 5股(预留1股)，空列车到达交接线5股(其中2股为双进路)，编发线5股，编组线4线 (预留1股)，客车车底停留线3股(其中第3股可直接发车)，牵出线2股，机车机待线 2股，机车走行线1股；另建有旅客站台1座、以及候车室、售票房、行李房等客运设施；还建有货物线4股、货物站台1座、仓库2座，并配有龙门吊、汽车吊等装卸机械的货场1个。