十一科，中国古代医学分科的合称。明代太医院在大部分时期将医学分为十三科（见十三科条）。明·隆庆五年（公元1571年）将十三科改作十一科。包括大方脉、小方脉、妇人、外科、针灸、眼、口齿、咽喉、伤寒、正骨、痘疹等十一科。清初医学分科仍沿明末旧制分十一科。只有外科又改称疮疡科。嘉庆以后至清末，医学分科又有九科、八科、七科、五科之变化。详见各条。