圣托玛斯大学创立于1611年4月28日，是亚洲地区最古老的大学也是世界上最大单一校园区的天主教大学。以学生人口数的要件而言，它是它由马尼拉第三大主教Msgr.Miguel Benavidez,O.P.,与Frs. Domingo de Nieva及Bernardo de Santa Catalina合力创办，是一所最原始培育年轻人欲成为教士的学校。圣托玛斯大学位于Walled city 内，在1624年College被公证授予神学学位、哲学学位及艺术学位，在1645年11月20日时，崇高致上的教宗提升College为University；于1680年，它继而处于皇家的资助之下。校园内建筑几乎都是欧洲古代式风格，相当优美，在此校园内漫步，让人犹如置身16世纪。此校在国际上的评价相当高，有资格挤进世界上第一流大学之列，在菲律宾更是与菲律宾国立大学齐名。

1902 年9月17日，教宗Leo(XIII)认定圣托玛斯为”教宗大学”，在1947年，教宗Pius(XII)给予一头衔 “菲律宾天主教大学”。1927年，为延续招生，此大校园区搬移至目前Sampaloc的行政区内，占有面积为21公顷。自从它创立以来，大学的校园生活被中断了二次：从1898至1899年，在菲律宾与西班牙对抗战争期间，另一次则是从1942年至1945年，日本占领马尼拉，当时圣托玛斯校园被日本军队转变成集中营。为了表扬彰显贵族的成就制度，许多重要的高官贵人为此职务上的参访此大学，其中，这三十几年来，参访过的有：陛下Paul(VI)于 1970,11,28，王子Juan Carlos于1974年，加尔各答修女院长Teresa于1977年及1984年，教宗John Paul (II)于1981及1995年。