圣福兰西斯哥修道院于1587年在巴夷亚建成，荷兰人入侵后，摧毁了原始建筑， 1686年重建后，即归圣福兰西斯哥三会管理。圣福兰西斯哥教堂和修道院坐落在萨尔瓦多的历史中心，是城里最漂亮的教堂之一，内部金碧辉煌，展现出美人鱼、天使、花卉、星星和几合图形等细致雕饰，表面全都镶贴金箔。教堂在1938年3月被列为国家级历史古迹接受保护。