生物拮抗是指微生物之间的互相抵制、互相排斥、甚至互相残杀的斗争被称为“生物拮抗”。一个安定的、处于生物平衡的正常微生物群，对包括人体致病菌在内的外籍菌有明显的生物拮抗作用。导致生物拮抗的原因，是微生物及其产生的多种分泌物质的作用，其中厌氧菌起着重大作用。生物拮抗大致有以下几种形式：

（1）改变微环境。细菌生长过程产生的有机酸降低了生物环境中的PH值，抑制了外籍菌，促进肠蠕动，清除外籍菌。

（2）占位。细菌与宿主（人）黏膜上皮细胞紧密结合形成“占位”性保护（生物屏障），从而排斥外籍菌。

（3）营养争夺。由于厌氧菌（多数是有益菌）在其特定的生物环境内数量很大，在与外籍菌的营养争夺上处于优势，从而限制了外籍菌的生长繁殖。

（4）分泌抗菌物质。在生物拮抗中微生物产生的抗生素、细菌素的作用至关重要，对外籍菌具有强大的抑制力、杀伤力。

（5）免疫作用。正常微生物群与宿主的免疫力配合，也可产生很有效的生物拮抗。