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书名:生物信息学中的计算机技术(影印版)

ISBN:703010421

作者:(美) 吉巴斯 (美) 杰贝克

出版社:科学出版社

定价:48

页数:427

出版日期:2002-5-1

版次:

开本:16开

包装:

内容简介

生物信息学是一门正在迅速发展的科学，它使用计算和分析方法来解决生物学问题。当前，基因组测序项目正在处理着来自许多不同生物体的大量生物学数据，并且，越来越多地把这些数据保存在公共数据库中。即使是该领域中最积极的研究者，也不可能离开计算机工具的帮助进行工作。生物信息学研究的就是如何建立这些工具。

本书以一种清晰、活泼的方式，全面介绍了生物信息学领域中最重要的一些主题。本书介绍并解释了在生物信息学研究中用到的许多流行软件，并涵盖了一些背景知识，以帮助读者理解如何最好地使用这些工具，以及这些工具之所以重要的原因。

本书包括以下内容：

*建立一个生物信息学工作站

*当前生物学家使用的Unix系统

*在生物序列、基因组和分子结构数据库中搜索信息的计算技术

*用于识别基因的软件工具和用于检测那些识别基因族特征模式的软件工具

*用于系统发育关系、分子结构和生物化学属性建模的软件工具

*自动数据处理和数据分析过程

*建立数据库

*用于数据采集和数据可视化的工具

本书不仅适合初学在生物学中如何使用计算方法的学生阅读，而且适合那些刚开始学习使用计算机来处理数据的有经验的研究者阅读。本书可帮助读者开发一种处理生物学数据的结构化方法，并可帮助读者深入理解自己需要的软件工具。

图书目录

第一部分 概述

第一章 计算机时代的生物学

计算是如何改变生物学的？

生物信息学难道仅仅是建立数据库吗？

信息学对生物学家意味着什么？

生物学给计算机科学家提出了哪些挑战？

生物信息学家应该有什么样的技巧？

为什么生物学家应使用计算机？

要进行生物信息学研究应该怎样设置PC机？

我们能找到什么信息和软件？

不上课我就能学会一门编程语言吗？

怎样利用Web信息？

怎样理解序列比对数据？

怎样编写一个程序来比对两个生物学序列？

怎样通过序列来预测蛋白质结构？

生物信息学能回答什么问题？

第二章 生物学问题的计算方法

分子生物学的中心法则

生物学家要建什么样的模型？

为什么生物学家要建立模型？

本书覆盖的计算方法

一个计算生物学的实验

第二部分 生物信息学工作站

第三章 建立工作站

在Unix操作系统下工作

建立一个Linux工作站

如何使软件运行起来

什么软件是必需的？

第四章 Unix中的文件和目录

文件系统基础

用于目录和文件的命令

在多用户环境中工作

第五章 在Unix系统下工作

Unix Shell

在Unix系统上发布命令

查看和编辑文件

转换和过滤器

文件统计和比较

正则表达式的语言

Unix Shell脚本

和其他计算机进行通信

在共享环境中和其他人轻松交流

第三部分 生物信息学工具

第六章 在Web上进行生物学研究

应用搜索引擎

查找科学文献

公共的生物学数据库

搜索生物学数据库

在公共的数据库中存储数据

查找软件

判断信息的质量

第七章 序列分析、成对比对以及数据库搜索

生物分子的化学成分

DNA和RNA的组成

Watson及Crick解决了DNA的结构问题

DNA测序方法的发展

genefinder和DNA特征的检测

DNA翻译

成对序列比较

在生物学数据库进行序列查询

序列分析的多功能工具

第八章 多序列比对、进化树和简图

从形态到分子

多序列比对

系统发育分析

简图和基序

第九章 蛋白质结构的可视化和结构性质的计算

关于蛋白质结构数据

蛋白质的化学性质

基于Web的蛋白质结构工具

结构可视化

结构分类

结构比对

结构分析

溶剂可接近性和相互作用

计算物理化学性质

结构优化

蛋白质资源数据库

把一切结合在一起

第十章 根据序列预测蛋白质的结构和功能

蛋白质结构的确定

预测蛋白质的结构

从三维到一维

蛋白质序列中的特征检测

二级结构预测

三维结构预测

把所有的结合在一起：一个蛋白质建模的方案

小结

第十一章 基因组学和蛋白质组学工具

从基因测序到基因组测序

序列组装

在Web上访问基因组信息

注释和分析整个基因组序列

功能基因组学：新的数据分析挑战

蛋白质组学

生化途径数据库

动力学和生理学建模

小结

第四部分 数据库和可视化

第十二章 用Perl进行数据自动化分析

为什么选择Perl？

Perl基础

模式匹配和正则表达式

使用Perl解析BLAST输出

Perl在生物信息学中的应用

第十三章 构建生物学数据库

数据库类型

数据库软件

SQL概论

安装MySQL DBMS

数据库设计

开发与数据库互动的基于Web的软件

第十四章 可视化和数据采集

准备数据

浏览图形

序列数据可视化

网络和途径可视化

处理数字数据

可视化：小结

数据采集和生物学信息

参考文献

词汇表