生物标志化合物（biomarker）是指沉积有机质、原油、油页岩、煤中那些来源于活的 生物体，在有机质演化过程中具有一定稳定性，没有或较少发生变化，基本保存了原始生化组分的碳骨架，记载了原始生物母质的特殊分子结构信息的有机化合物。因此，它们具有特殊的“标志作用”。