陕西省微生物研究所的前身是中科院西北水土保持研究所微生物室，1979年11月1日建所，是西北地区唯一一所从事微生物技术研究的科研机构。隶属于陕西省科学院。全所职工109人，其中研究员6人，副研究员18人。博士5人，硕士17人。研究所以应用基础研究及应用研究为主，科研范围涉及轻工、医药与保健、食品、酿造、农业、环保等领域。

本所下设四个研究中心——微生物菌种资源研究中心、微生物技术研究中心、代谢产物研究中心、分子生物学实验室。一个省级工程技术研究中心——陕西省淀粉转化工程技术研究中心。一个中心实验室。两个产业部门——食用菌技术推广中心和陕西博奥制药有限公司。近五年来发表论文48篇，编、专著4部，申请发明专利9项授权4项，获陕西省科学院、西安市科技局科技奖励共7项。获中国科学院院地合作项目、陕西省科技计划项目、西安市科技计划项目、中科院西部之光项目、陕西省科学院科技计划项目共51项。同研究院所、企业及农业技术推广单位等签订联合开发、科技合作和技术服务协议书共31份。其中取得横向联合开发、委托开发及技术服务等项目共计25项。通过陕西省科技厅、西安市科技局、陕西省科学院成果鉴定或验收的项目共35项。在韩城、陕南建立了食用药用真菌试验示范基地。

目前，陕西省微生物研究所已经形成了完整的菌种选育-发酵技术研究-代谢产物研究体系，同时与中小企业结合以解决企业技术难题为主的发酵技术研究为微生物研究所的技术寻找了出口。以菌种选育、基因工程菌构建为基础的代谢产物研究，在产品研发、成果转化、市场调研等方面积累了一定的经验。研究所将立足陕西，面向西北，着眼全国，加强微生物种质资源的收集和保藏，研究解决与微生物相关生产企业的技术问题，不断开发具有市场前景的新型微生物代谢产物产品。