切除修复 (excission repairing):也称核苷酸外切修复，这是一种取代紫外线等辐射物质所造成的损伤部位的暗修复系统。对多种DNA损伤包括碱基脱落形成的无碱基点、嘧啶二聚体、碱基烷基化、单链断裂等都能起修复作用。此系统是在几种酶的协同作用下，先在损伤的任一端打开磷酸二酯键，然后外切掉一段寡核苷酸；留下的缺口由修复性合成来填补，再由连接酶将其连接起来。不同的DNA损伤需要不同的特殊核酸内切酶来识别和切割。

切除修复有两种形式：一是碱基切除修复，它是在DNA糖基化酶的作用下从DNA中除去特定类型的损伤或者不合适的碱基。一是核苷酸切除修复。它是一个识别广谱DNA损伤的系统。这些损伤被一个多功能的酶复合物除去，它产生一个能被DNA聚合酶和DNA连接酶修复的缺口。