能量优化方法（Energy Minimization Method）即寻找研究体系能量极小的状态，从数学角度看是处理多维函数的优化问题。

常用的方法有：1.直接搜寻法（Direct Search Method）；2.最陡下降法（Steepest Descent Method）；3共轭梯度法（Cojugate Gradient Method）；4.拟牛顿法（Quasi-Newton Method）。

能量优化方法的局限性：1.该方法依赖于初始构型的选择，即EM方法只能找到初始结构附近的局部极小结构；2.体系不可能跨越较大的势垒，因此EM不能找到全局极小。

相比模拟退火方法（Simulated Annealing）通过体系升温然后再降温，可使体系增加较大的动能，从而使体系可以跨越较高的势垒而达到更低的能量构象。因此，模拟退火是寻找全局极小的较好方法。