植物的侧根通常起源于母根的中柱鞘，发生于根的内部组织，这种起源方式称为内起源。

侧根开始发生时，中柱鞘相应部位的细胞恢复分生能力，并进行平周分裂，增加细胞层数，接着进行各个方向的分裂，突起形成侧根原基，并分化出根冠和生长点。生长点不断分裂、生长和分化，穿过皮层和表皮，伸入土壤中，成为侧根。侧根分化出的输导组织与母根的输导组织相连接而形成相互连通的输导组织。

侧根源于根内部的中柱鞘细胞，因此它的起源方式称内起源。