南京中医药大学图书馆现有馆藏中外文图书、期刊合订本及线装古籍50万册。其中中医药图书1.5万种10万余册，中医药期刊与现代医药、生物学期刊等2754种，外文医药期刊现刊102种，现刊1100多种。建国后公开出版的中医药图书入藏率95%以上，中医药期刊入藏率近100%。中文医学期刊式索引保持建国以来的完整性与延续性。入藏期刊合订本5万余册、民国期间图书以及中医古籍线装书3000多种4万多册，珍本、善本古籍300种3000多册。外文重要生物、医学检索工具配置齐全，具有20年以上综合检索能力。图书馆每年投入购书经费200～250万元。

图书馆还配置有6000余种中外文参考工具书和古今大型丛书、类书,如《四库全书》、《丛书集成》、《四部丛刊》、《民国丛书》、《中国地方志集成》、《道藏》、《佛藏辑要》、《大藏经索引》、《古今图书集成》等。经日常考察统计，相关专业一次文献保障率达80%以上。据国家中管局科研项目《中华本草》和《方剂大辞典》主编反映，两书引用书的品种，我馆入藏率达90%以上。

图书馆采编、流通、检索、办公等工作目前已经全部实现自动化管理，馆内局域网与校园网联通。中医药学及相关学科数据库品种齐全，主要有：《中医药学文献数据库》、《中国生物医学文献数据库》、《中文生物医学期刊数据库》、《医药卫生科技成果数据库》、《中国科学技术成果数据库（CSTAD）》、《中医药报刊数据库》、Medline等。中医药文献检索教研室从八十年代开始就承担学校的中医药文献检索课程，教授学生各种中医药文献的查检知识，着重于学生独立学习能力和动手能力的培养，为提高本校学生的综合素质奠定了坚实的基础。1995年12月我馆被国家中管局批准为第一批全国中医药行业科技查新单位暨中国中医药文献检索中心分中心。自97年以来完成校内外中医药科技项目查新任务515多项，1999年7月经国家中管局专家评审组评估，我馆查新质量获通报表彰。1997年11月我馆被国家中管局评为全国中医药科技信息先进集体。