南京大学经济系建系于1920年，是当时国内最著名的经济学系。1952年院系调整时，南京大学经济系随政治系、新闻系一起调整到复旦大学，校内仅保留一个教研室。经济学系于1978年恢复建系以来，根据经济建设的现实需求，积极开展教学科研活动，为政府科学决策和企业发展战略作了大量的咨询工作。现有教授9人（其中博士生导师7名），副教授8人，讲师1人。设有2个本科专业：经济学、财政学，4个硕士专业：政治经济学、国民经济学（投资经济方向）、西方经济学、产业经济学，政治经济学博士专业和理论经济学博士后流动站，政治经济学国家重点学科。

主要培养现代经济理论扎实，知识面宽，适应能力强，能从事经济理论、经济政策的研究和教学工作,能从事财政金融、投资经济领域管理工作的专门人才。

近年来承担了许多国际合作科研项目以及国家级的科研项目，出版和发表了一大批专著、教材和论文，其中许多成果受到国家奖励，并产生了广泛的社会影响。1993、2001年两次获得国家优秀教学成果二等奖，2000年获江苏省优秀教学成果一等奖，1999年起，经教育部批准，经济学本科专业列为国家经济学基础人才培养基地。

该系还设有经济发展研究所，海峡两岸经济发展研究所及投资金融研究中心等研究机构。