南京财经大学管理科学与工程学院成立于2007年4月。学院设两个本科专业：管理科学、工业工程。管理科学专业培养掌握管理科学研究问题的定量分析方法，具备分析和解决企业管理、资源管理和决策优化等问题能力的专门人才；工业工程专业培养既掌握现代制造工程技术，又掌握管理科学原理与方法，具有现代工业工程和系统管理方面的知识、素质和能力的复合型人才。

主要专业课程：管理学原理、会计学、财务管理、宏观经济学、微观经济学、管理信息系统、市场营销、运筹学、质量管理、电子商务、管理系统模拟、管理决策模型和方法、系统工程、组织行为学、生产运营管理、企业经营战略等。

管理科学与工程学院的教学机构有管理科学系、工业工程系。研究机构有系统评价与设计研究中心、质量工程与管理研究所、工业工程与管理研究所。

学院拥有一个工程与管理实验中心。实验中心下设：质量工程实验室、管理科学与工程创新实验室、流程控制实验室、电工电子实验室、工业工程实验室。

学院院长王海燕教授，党总支书记安建华副教授。