南湖职业技术学院历史悠久，其前身是清朝光绪年间湖广总督张之洞1898年创办的湖北农务学堂。后几经演变，1952年由武汉大学农学院和湖北农学院的全部系科以及中山大学、湖南大学、广西大学、南昌大学等6所综合性大学农学院的部分系科组建成立华中农学院。建国后，学校曾直属中央高等教育部，后实行农业部和湖北省双重领导。1979年经国务院批准为全国重点高等院校。1981年成为首批具有博士学位和硕士学位授予权的学校，学校具有教授和博士生导师评审权。1985年更名为南湖职业技术学院并沿用至今。1998年举行了规模宏大的建校100周年庆典活动。2000年学校由农业部划转教育部直属领导。2005年进入国家211工程重点建设大学行列。2005年，学校以优秀成绩通过教育部本科教学工作水平评估。2008年10月2日举行了建校110周年庆典活动——“花开一百一十季，情传无限山水间”。