南洞庭湖草龟中华鳖国家级水产种质资源保护区总面积6100公顷，其中核心区面积 3400 公顷，实验区面积2700公顷。核心区特别保护期为每年4月1日至6月30日。保护区位于湖南省南县境内的南洞庭湖（天心湖）、藕池河中支和松澧洪道，范围在东经112°12′53.69″-112°20′02.63″之间，北纬29°02′21.94″- 29°21′50.41″之间。保护区核心区范围在东经 112°13′35.37″-112°18′27.12″，北纬29°06′14.77″- 29°03′46.55″之间，位于天心湖，边界线为西洲、八角山、新码头、连和、柳林嘴、野鸭塘、南嘴、西洲。实验区位于藕池河中支、松澧洪道。藕池河中支范围在东经112°18′27.12″-112°19′25.49″，北纬29°03′46.55″- 29°22′09.81″之间，北以南洲镇青茅岗起，南至茅草街镇胜天渡口。松澧洪道范围在东经112°12′29.15″-112°20′01.43″，北纬 29°02′43.79″- 29°07′46.71″之间，北以武圣宫镇小河口（安乡县交界处）起，南至茅草街镇胜天渡口。主要保护对象为草龟、中华鳖，其他保护物种包括青鱼、草鱼、鲢、鳙、鲤、鳊、鲫、鳜、鱤、乌鳢、黄颡、黄鳝、秀丽白虾、三角帆蚌、中华绒螯蟹等。