美国海军实行的是军政和军令分离的指挥体制。海军行政的指挥系统是：总统——国防部长——海军部长——海军作战部长——两洋舰队司令——舰种部队司令——大队司令——舰艇中队司令/航空连队司令——舰艇飞机。美国海军实行的是文人领军的制度。海军统帅机构是海军部，部长是海军的最高行政长官，是文官，不穿军装。海军部长须经参议院同意由总统任命，一般任期为4年。

海军是美国军队中最大的一个兵种，隶属国防部，后者是掌握海军政策、指挥、行政及后勤事务的首脑机关，但并不负责海军的作战指挥。海军作战部长为现役军官，上将军衔，在参谋长联席会议主席和海军部长领导下负责海军的作战指挥。海军作战部相当于陆空军的参谋部。海军作战部长是海军的最高军事作战指挥官，由总统经参议院的咨询和同意后任命，任期4年。海军作战部长和海军陆战队司令是美军参谋长联席会议的成员，他们将参谋长联席会议有关海军方面的内容通报给海军部长。