史瓦密，梵文，可以加在人名的前头以表示尊称，包含的意义极广，有专家、学者、先知、贤人、圣人、哲人、导师、前辈、高人、灵性大师、证悟者等等，通常多用在宗教、修行界里比较多。新一代生物学平台（Next Generation Work Bench- Swami)

前言

处理的DNA和蛋白质序列数据越来越多，但是目前的生物学软件需要极多的手工操作，过程复杂，效率极低。诸如基因识别，模型建造，系统进化数的构建等序列数据分析都要涉及到一系列的生物学软件。由于生物信息学软件对数据的使用和需求的多相性，科学家们必须花大量的时间解决数据格式，输入和输出数据的管理，大量参数和多种分析程序的储存等技术问题，因此浪费了大量的科研时间。本文介绍了通过WEB界面来使用的整合了多个数据库及多种生物学软件的生物学平台一Swami，可方便地通过浏览器(如Intemet Explorer，Firefox，safari v3.1等)使用，提高了数据处理速度并且帮助用户管理文件，它的出现不但满足了生物学家的需要而且将推动生物信息学向更深更广的方向发展。

生物学平台简介

“Biology workbench”是由生物信息学的开拓者Shankar Subramaniam在20世纪九十年代中期建立的一种网络平台和一种点击计算环境。这个平台提供了许多基于网络的生物学软件和数据库资源，以及个人的储存和管理数据，它具有一种速度优势可以在几小时之内完成研究人员在几天或着几个月内才能完成的工作，并且，这些服务都是免费的。

在生物学平台获得巨大的成功后，由NIH(tIIe National Institute of

Health)出资2200万美元建立了新一代的生物学平台一The Next Generation Biology Workbench(NGBW)，也被称作Swami。NGBW保留了原有的生物学平台特点，并进行了扩展。

NGBW平台的独立性和可扩展性：建立通过浏览器就可以直接使用在各种平台上的生物信息学软件，方便不同操作系统的用户使用。为适应生物学软件的更新，数据库的设计尽可能考虑到可扩展，软件设计应用模块化的需要。Swami的设计者为了满足不同使用者的需要，每个月对主要的生物学软件进行更新，如果使用者没有找到需要使用的软件可以发送email给网站管理员。在下次更新中就会添加使用者要求的软件，新的软件会标出new.

数据安全性：做到安全可靠，防止非法用户入侵；需对用户进行身份验证，保护用户数据不被其它用户看到。前台应用程序进行参数验证，防止用户使用非法参数进行攻击；提供管理员良好的用户管理和日志管理界面，帮助他们进行入侵防范。

Swami为生物学家和学生们提供了一个多能的生物分析环境，可以允许使用者进入最新的核酸和蛋白质数据库进行搜索，并同时整合了一系列的分析和建模工具，所有这些工作都可以在一个点击界面完成，无需进行文件格式的转换，这就排除了文件格式相容性的问题。由此使这个平台成为生物信息学专家们必不可少的资源，他们可以通过这个平台对如人类基因组工程这样的工作产生的爆炸式的数据进行收集、整理、建模、分析。

包含的数据库

Swami包括了目前生物学领域的主要数据库：GenBank是一个有来自于2 600 000多种生物的核苷酸序列的数据库，包括EMBL和DDBJ。uniprot是SWISS-PROT、TrEMBL和PIR三大数据库的最佳整合，由美国国家人类基因组研究院(National Human Genome Research Institute，NHGRI)与美国国家卫生研究院的(NIH)及其它5家研究中心和研究院资助建立一个统一的蛋白数据库(United Protein Database)，缩写为UniProt。PDB，是由美国Brookhaven国家实验室建立，收集的数据来源于x晶体衍射和核磁共振实验测定的蛋白质三维结构数据，经过整理和确认后存档而成，是国际上唯一的生物大分子结构数据档案库。除了以上三个一次数据库外Swami还包含了一些二次数据库(序列谱／模体数据库)。Blocks，基于蛋白质序列模块的同源蛋白结构域数据库；Pfam，基于隐马尔可夫模型同源蛋白家族数据库；Prints，基于蛋白质指纹技术的蛋白质功能位点序列片段数据库；Prosite，基于一般的正则表达式蛋白质功能位点数据库；CDD，NCBI的蛋白保守区数据库；COG，蛋白质直系同源簇数据库，是对细菌、藻类和真核生物的21个完整基因组的编码蛋白，根据系统进化关系分类构建而成；KOG，真核生物蛋白质同源簇数据库；PRK，原核生物，叶绿体质粒和基因组编码的蛋白质序列数据库；SMART，提供蛋白质序列，在结构域数据库中查询，显示出其结构域及跨膜区等；PDBFINDER2，对PDB数据库中的元数据和蛋白质结构进行搜索。

生物学软件

核苷酸序列分析工具：ALIGN；BL2SEO；BLASTP；BLIMPS：PROTEUS：CLUSTALW；CLUSTALWPROF；

DEGAPSEQ；EPRIMER3； FASTA； FASTX； FASTY；LALIGN；MLOFD；PFSCAN；PPSEARCH；REVSEQ；SIXPACK：SPIDEY；SSEARCH；TACGv4.0；TBLASTX。

蛋白质序列分析工具：PEPINFO；ALIGN；BL2SEO：BLASTP；BLIMPS：CLUSTALW：CLUSTALWPROF； DEGAPSEQ； FASTA； FingerPRINTscan；GOR4；HMMPFAM；LALIGN：TFASTA；TFASTX；PROTEUS：MSA：PEPINFO：PEPSTATS；PEPWINDOW：PFSCAN；PFSEARCH：PPSEARCH；PROSEARCH：PROTEUS；PRSS；PSIBLSTA；RPSBLASTA；

SSEARCH：TBLASTN；TFASTY：TMAP。

系统发育／比对工具：BOXSHADE；CLIOUE；CLUSTALWDIST； CLUSTALWPROF； CLUSTALWTREE：CONSENSE；DNADIST；DNAPARS；DOLLOP；DRAWTREE；DRAWGRAM；FITCH；KITSCH；MIX：MSA；MVIEW ALIG：MVIEW BLAST；NEIGHBOR；PARS；PHYML；PROTDIST；PROTPARS；SEQBOOT；UNROOT。

蛋白质结构工具：DSSP；SIRIUS；PELE。