简介

PCR引物设计时酶切位点的保护碱基表

简介

酶切位点（Restriction Enzyme cutting site）：DNA上一段碱基的特定序列，限制性内切酶能够识别出这个序列并在此将DNA序列切成两段。

可能存在同尾酶，不同酶的识别序列不同，

有的可能能识别多个酶切位点比如STY1识别序列有WW

PCR引物设计时酶切位点的保护碱基表

不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求（在本表中没有列出的酶，则通常需在识别位点两端至少加上6个保护碱基，以确保酶切反应的进行。）

酶　寡核苷酸序列　链长　切割率%

　
　
　2 hr　20 hr

Acc I　GGTCGACC
CGGTCGACCG
CCGGTCGACCGG　8
10
12　0
0
0　0
0
0

Afl III　CACATGTG
CCACATGTGG
CCCACATGTGGG　8
10
12　0
>90
>90　0
>90
>90

Asc I　GGCGCGCC
AGGCGCGCCT
TTGGCGCGCCAA　8
10
12　>90
>90
>90　>90
>90
>90

Ava I　CCCCGGGG
CCCCCGGGGG
TCCCCCGGGGGA　8
10
12　50
>90
>90　>90
>90
>90

BamH I　CGGATCCG
CGGGATCCCG
CGCGGATCCGCG　8
10
12　10
>90
>90　25
>90
>90

Bgl II　CAGATCTG
GAAGATCTTC
GGAAGATCTTCC　8
10
12　0
75
25　0
>90
>90

BssH II　GGCGCGCC
AGGCGCGCCT
TTGGCGCGCCAA　8
10
12　0
0
50　0
0
>90

BstE II　GGGT(A/T)ACCC　9　0　10

BstX I　AACTGCAGAACCAATGCATTGG
AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA
CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT　22
24
27　0
25
25　0
50
>90

Cla I　CATCGATG
GATCGATC
CCATCGATGG
CCCATCGATGGG　8
8
10
12　0
0
>90
50　0
0
>90
50

EcoR I　GGAATTCC
CGGAATTCCG
CCGGAATTCCGG　8
10
12　>90
>90
>90　>90
>90
>90

Hae III　GGGGCCCC
AGCGGCCGCT
TTGCGGCCGCAA　8
10
12　>90
>90
>90　>90
>90
>90

Hind III　CAAGCTTG
CCAAGCTTGG
CCCAAGCTTGGG　8
10
12　0
0
10　0
0
75

Kpn I　GGGTACCC
GGGGTACCCC
CGGGGTACCCCG　8
10
12　0
>90
>90　0
>90
>90

Mlu I　GACGCGTC
CGACGCGTCG　8
10　0
25　0
50

Nco I　CCCATGGG
CATGCCATGGCATG　8
14　0
50　0
75

Nde I　CCATATGG
CCCATATGGG
CGCCATATGGCG
GGGTTTCATATGAAACCC
GGAATTCCATATGGAATTCC
GGGAATTCCATATGGAATTCCC　8
10
12
18
20
22　0
0
0
0
75
75　0
0
0
0
>90
>90

Nhe I　GGCTAGCC
CGGCTAGCCG
CTAGCTAGCTAG　8
10
12　0
10
10　0
25
50

Not I　TTGCGGCCGCAA
ATTTGCGGCCGCTTTA
AAATATGCGGCCGCTATAAA
ATAAGAATGCGGCCGCTAAACTAT
AAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAAGGAAAA　12
16
20
24
28　0
10
10
25
25　0
10
10
90
>90

Nsi I　TGCATGCATGCA
CCAATGCATTGGTTCTGCAGTT　12
22　10
>90　>90
>90

Pac I　TTAATTAA
GTTAATTAAC
CCTTAATTAAGG　8
10
12　0
0
0　0
25
>90

Pme I　GTTTAAAC
GGTTTAAACC
GGGTTTAAACCC
AGCTTTGTTTAAACGGCGCGCCGG　8
10
12
24　0
0
0
75　0
25
50
>90

Pst I　GCTGCAGC
TGCACTGCAGTGCA
AACTGCAGAACCAATGCATTGG
AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA
CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT　8
14
22
24
26　0
10
>90
>90
0　0
10
>90
>90
0

Pvu I　CCGATCGG
ATCGATCGAT
TCGCGATCGCGA　8
10
12　0
10
0　0
25
10

Sac I　CGAGCTCG　8　10　10

Sac II　GCCGCGGC
TCCCCGCGGGGA　8
12　0
50　0
>90

Sal I　GTCGACGTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC
GCGTCGACGTCTTGGCCATAGCGGCCGCGG
ACGCGTCGACGTCGGCCATAGCGGCCGCGGAA　28
30
32　0
10
10　0
50
75

Sca I　GAGTACTC
AAAAGTACTTTT　8
12　10
75　25
75

Sma I　CCCGGG
CCCCGGGG
CCCCCGGGGG
TCCCCCGGGGGA　6
8
10
12　0
0
10
>90　10
10
50
>90

Spe I　GACTAGTC
GGACTAGTCC
CGGACTAGTCCG
CTAGACTAGTCTAG　8
10
12
14　10
10
0
0　>90
>90
50
50

Sph I　GGCATGCC
CATGCATGCATG
ACATGCATGCATGT　8
12
14　0
0
10　0
25
50

Stu I　AAGGCCTT
GAAGGCCTTC
AAAAGGCCTTTT　8
10
12　>90
>90
>90　>90
>90
>90

Xba I　CTCTAGAG
GCTCTAGAGC
TGCTCTAGAGCA
CTAGTCTAGACTAG　8
10
12
14　0
>90
75
75　0
>90
>90
>90

Xho I　CCTCGAGG
CCCTCGAGGG
CCGCTCGAGCGG　8
10
12　0
10
10　0
25
75

Xma I　CCCCGGGG
CCCCCGGGGG
CCCCCCGGGGGG
TCCCCCCGGGGGGA　8
10
12
14　0
25
50
>90　0
75
>90
>90