茅山遗址位于杭州市余杭区临平镇小林街道上环桥村。为配合余杭经济开发区建设，2009年7月—2010年1月，浙江省文物考古研究所和余杭江南水乡博物馆联合对茅山遗址进行了正式发掘，已揭露面积8000多平方米，出土陶、石、玉、木等各类器物800余件（组）。

茅山为一座海拔48.8米、东西狭长的自然低山。遗址分布在茅山的南坡，遗址面积近3万平方米。发掘表明，茅山遗址主要为一处新石器时代遗址，遗址的堆积部分可分为坡上的居住生活区和坡下的稻田遗迹区2大块。坡上居住生活区的文化层堆积由早到晚分别为马家浜文化晚期—崧泽文化早期、良渚文化中晚期和广富林文化时期等3个阶段。坡下的稻田遗迹区农耕层可分3层，其中已经发掘的农耕第Ⅰ、Ⅱ层分别与居住生活区的后2个阶段堆积对应。

马家浜文化晚期到崧泽文化早期的堆积仅局部进行了发掘，在编号G4的遗迹单位中出土了数量较多可修复的陶器，还有骨木器等。其中出土的1件朱漆黑彩木雕动物合体像，由底座和上下骑座的2只动物组成，动物造型抽象却不失生动，为了解距今6000年前后太湖地区先民的精神世界提供了重要的物证。

茅山遗址发掘最大的收获是揭露了一处聚落布局和结构比较清晰完整的良渚文化中晚期坡地型遗址的聚落形态。茅山遗址良渚文化中晚期聚落，以一条基本呈蜿蜒的东西向河沟（G2）为界，分为坡上的居住生活区和坡下的稻田遗迹区。

坡上的居住生活区又可明确分为经过特别营建的墓地区和居住区，已清理良渚文化墓葬43座，建筑遗迹3处，灰坑30座，水井2口。

坡下的稻田遗迹区，目前已发现与稻田遗迹相关的遗迹有河沟1条（G2）、路（或田埂）7条、灌溉水渠1条（G3）、稻田口活动场所1块。

G2是良渚文化中晚期聚落居住生活区和稻田遗迹区的分界。目前已揭露的G2东西跨度106米，G2各段宽度不等、深浅也不一，应是为了起到丰水期排水和枯水期蓄水的作用。判断G2应该同时具有防洪排水、提供生活用水和灌溉南部稻田等多种功能。

灌溉水渠（G3）位G2南侧，总体走势也呈蜿蜒的东西向。

东西向的路发现2条。L1紧临G2南侧，应也是G2南侧堤岸。L4位稻田发掘区的中北部，路土土色灰褐，路面铺垫有细砂和少量碎陶片。L4南北两侧附近的土层也夹杂有较多碎陶片和细砂,与稻田中的土质区别明显，推断这一带是稻田口的一处活动场所。

南北向的小路（或田埂）共发现5条，均位于稻田中，呈东西排列、路面铺垫有红烧土块或粉末，路面宽约60—100厘米不等，高出两侧稻田约0.06—0.12米，揭露长度最长的1条近60米。小路之间间距除发掘区东侧2条较宽，为约31米外，其余的间距均在17—19米之间。可推知茅山遗址良渚文化中晚期的水稻田略呈平行四边形的南北向长条形，单块田块的面积较大。

根据对遗址及周围土壤中植物种子和硅酸体的分析并结合土质土色已初步确认茅山遗址良渚文化时期水稻田的分布范围呈一东西向不规则的狭长条形，东西最长近700米、南北宽约50—80米，面积70—80亩。

发掘表明良渚文化中晚期水稻田已有明确的道路系统和灌溉系统，良渚先民对水稻田已有了比较先进而细致的规划。

此外，在属于广富林文化时期的稻田遗迹农耕第Ⅰ层也发现了沟等遗迹，并在此层上发现了零散的人脚印和一组30个清晰的大型偶蹄类动物（牛）脚印，这是国内首次在新石器时代农耕层上发现牛脚印。

茅山遗址水稻田遗址发掘规模大、遗迹种类丰富、性状比较清晰，并与布局和结构比较清晰完整的良渚文化聚落紧密有机地联系在一起，在良渚文化中均属首次发现，在国内同类遗址中也甚为罕见。对于研究良渚文化时期的聚落形态、稻作生产方式，进而深入理解良渚文化在中华文明起源中的作用等意义重大。同时，茅山遗址稻田农耕遗迹三叠层的发现，对于全面系统研究新石器时代中国东南地区稻作农业的起源及发展过程提供了非常珍贵的资料。