马颊河文蛤国家级水产种质资源保护区面积3397公顷，其中核心区面积1182公顷，实验区面积2815公顷。核心区保护期为全年，文蛤繁殖季节（8月1日-9月30日）是重点保护时期。保护区位于山东省滨州市无棣县马颊河入海口区域滩涂及海域，由4个拐点围成，拐点坐标分别为（117°55'08.05?E，38°17'15.25?N；118°00'31.00?E， 38°14'49.07?N；117°59'40.68?E， 38°12'22.68?N；117°54'11.82?E ，38°15'06.02?N）。南边界为防潮坝北边，是（117°59'40.68?E，38°12'22.68?）和（117°54'11.82?E，38°15'06.02?N）的连线；北边界是（117°55'08.05?E，38°17'15.25?N）和（118°00'31.00?E， 38°14'49.70?N）的连线。核心区位于保护区中心，是由4个拐点的连线围成的区域，各拐点坐标分别是（117°56'56.67?E，38°16'26.32?N；117°58'30.70?E ， 38°15'43.92?N；117°57'42.80?E，38°13'21.23?N；117°56'03.11?E，38°14'10.74?N）。实验区分两部分，分别位于核心区两侧，第一是由4个拐点连线围成的区域，各拐点坐标分别是（117°55'08.05?E，38°17'15.25″N；117°56'56.67″E，38°16'26.32″N；117°56'03.11″E ，38°14'10.74″N；117°54'11.82″E ，38°15'06.02″N）。第二部分是由4个拐点连线围成的区域，各拐点坐标分别是（117°58'30.70″E， 38°15'43.92″N；118°00'31.00″E， 38°14'49.70″N；117°59'40.68″E， 38°12'22.68″N；117°57'42.80″E ， 38°13'21.23″N）。主要保护对象是文蛤，其他保护物种包括缢蛏、青蛤、四角蛤蜊、光滑河兰蛤、红螺、毛蚶、习见织纹螺，厚蟹类，双齿围沙蚕、日本刺沙蚕等。