小非信使RNA，细胞内有一类称之为非mRNA小RNA，SnmRNAs主要包括核内小RNA(snRNA)，核仁小RNAsnoRNA)，胞质小RNA(scRNA)，催化性小RNA（核酶），小片段干扰RNA(siRNA)等。这些小RNA在hnRNA和rRNA的转录后加工、转运以及基因表达过程的调控等方面具有重要的生理作用。

许多种snRNA参与了真核细胞hnRNA的加工剪切过程。研究比较清楚的有U1、U2、U4、U5和U6。他们的作用是识别hnRNA上外显子和内含子的切点，将内含子切除。

snoRNA则参与了rRNA中核糖C-2'的甲基化修饰。

某些小RNA分子具有催化特定RNA讲解的活性，在RNA合成后的剪切修饰中具有重要作用。这种具有催化作用的小RNA亦被称为核酶，或催化性RNA。

siRNA是生物宿主对外源侵入的基因所表达的双链RNA进行切割所产生的具有特定长度和特定序列的小片段RNA。这些siRNA可以与外源基因表达的mRNA相结合，并诱发这些mRNA的降解。利用这一机制发展起来的RNA干扰技术是用来研究基因功能的有力工具。